প্রতিষ্ঠার ৫৬ বছর পর বরিশাল শেরে বাংলা মেডিকেল কলেজ হাসপাতাল পরিচালনার জন্য সেনাবাহিনীর কর্মকর্তা নিয়োগ দেওয়া হয়েছে। সেনাবাহিনী থেকে বরিশাল মেডিকেল কলেজ হাসপাতালে প্রথম পরিচালক হয়ে আসছেন বিগ্রেডিয়ার জেনারেল একেএমে মশিউল মুনীর।

বরিশাল শেরে বাংলা মেডিকেল কলেজ হাসপাতালের পরিচালকের পদটি অনেকের কাছেই লোভনীয় ছিল। পরিচালকরা অজ্ঞাত কারনে হাসপাতালটি সঠিকভাবে পরিচালনায় মনোযোগী ছিলেন না। বরংচ বিভিন্ন ধরনের সিন্ডিকেট তৈরীতে মনোযোগী ছিলেন।

বরিশাল মেডিকেল কলেজ হাসপাতালের তৃতীয় ও চতুর্থ শ্রেণীর পদে কর্মরতদের অধিকাংশই হাসপাতাল সংলগ্ন এলাকার বাসিন্দা হওয়ায় বিশেষ করে যাদের জমি অধিগ্রহন করে মেডিকেল কলেজ ও হাসপাতাল প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল তাদের পরিবারের সদস্যদের পুনর্বাসন করতে যেয়ে বংশানুক্রমে তৃতীয় ও চতুর্থ শেণীর পদে চাকুরি পাওয়ায় হাসপাতালটি তাদের কাছে জিম্মি হয়ে থাকায় রোগীরা কোন সময়েই কাংখিত সেবা পায়নি।

গত জুলাই-আগস্ট মাসের আন্দোলনের পর বৈষম্যবিরোধী ছাত্র আন্দোলনের সাথে জড়িত ইন্টার্ন চিকিৎসক ও শিক্ষার্থীদের দাবির মুখে তৎকালীন পরিচালক পদত্যাগ করতে বাধ্য হন। এসময়ে আন্দোলনকারীরা পরিচালক পদে সশস্ত্র বাহিনী থেকে পরিচালক নিয়োগের দাবি জানিয়ে আসছিল। তাদের বক্তব্য ছিল সশস্ত্র বাহিনী থেকে পরিচালক নিয়োগ দেয়া হলে হাসপাতালটিকে ঘিরে যে দুর্নীতি চলছে তা হ্রাস পাবে এবং হাসপাতাল পরিচালনায় গতি আসার সাথে সাথে সেবার মান বাড়বে।